Die Franziskaner engagierten sich sehr im Schul- und Bildungswesen. So übernahmen sie 1675 die alte städtische Lateinschule, aus der später unter ihrer Leitung das Gymnasium Laurentianum hervorging. Viele Jahre lang war auch das Noviziat der Ordensprovinz mit der philosophisch-theologischen Hochschule in Warendorf untergebracht.

Während des Kulturkampfes (1875 – 1887) wurde das Kloster aufgehoben, aber die Warendorfer beherbergten einige Patres ohne Wissen der Behörden, der ein oder andere Franziskaner wohnte insgeheim immer im Klosterbereich.

In der Versorgung der Sächsischen Ordensprovinz vom Heiligen Kreuz übernahm das Kloster wichtige Funktionen: so beherbergte es unter anderem die Schlosserei, die Schneiderei und die Schreinerei der gesamten Ordensprovinz und in den letzten Jahren auch die Pflegestation.

In der Seelsorge unterstützten die Franziskaner die Warendorfer Pfarreien und hielten Gottesdienste in den Umlandgemeinden, Krankenhäusern, Altenheimen usw. bis zum Verkauf der Klosteranlage im Jahre 2008.

Die Klosterkirche war ursprünglich eine Saalkirche ohne Gliederung. Erst 1853 wurde ein flachbogiges Kreuzgewölbe auf Wandkonsolen eingezogen. An der südlichen Wand schließt sich das Klostergebäude an, dort befinden sich Fensteröffnungen, die eine Teilnahme am Gottesdienst vom Kloster aus ermöglichten.
Die Innenausstattung stammt aus dem letzten Drittel des 18. Jahrhunderts. Sie ist Spätbarock mit klassizistischen Anzeichen. Ein großer Teil der Einrichtung wurde in der Klosterschreinerei unter Mitwirkung heimischer Künstler gefertigt, so der Hochaltar, die Seitenaltäre, das Chorgestühl und die sehenswerte Sakristei. Selbst die Orgel mit 22 Registern und 1386 Pfeifen wurde von einem Franziskaner gebaut.

• Heute beherbergt das Kloster das Westpreußische Landesmuseum, eine Nutzung, die es ermöglichte, die alten Zellenstrukturen weitgehend zu erhalten, sowie eine Tagespflege der Malteser.
• Die Kirche ist geöffnet, dreimal wöchentlich wird eine Messe gelesen und um die Weihnachtszeit lockt eine bemerkenswerte Krippe viele Besucher:innen an. Gerne wird sie darüber hinaus für Trauungen, Lesungen und - wegen ihrer guten Akustik - besonders für Konzerte genutzt.