Die ersten Mönche in Weddern nutzten die bestehenden Räume der Feste sowie die Burgkapelle. Diese ist 1312 urkundlich belegt und dürfte bereits damals als Patron den Schutz des Apostels Jakobus des Älteren genossen haben. Durch die zur Verfügung stehenden Geldmittel und Liegenschaften wuchsen die Konventsbauten rasch bis zur Höchstzahl von 22 charakteristischen, wohlorganisierten Zellenhäuschen. Mit dem Bau des Klosters hielt auch die Errichtung Kirche Schritt. Nach vielen An und Umbauten zeigt sich das spätgotische Gotteshaus aus rotem Backstein auch heute noch als schlichter, einschiffiger Gewölbebau.

In der Turmhalle der Kirche, basierend auf Kupferstichen von 1739 und 1744, ist die ehemalige, unter dem Schutz der Dreieinigkeit und der Gottesmutter stehende Konventssiedlung »Marienburg zu Weddern« dargestellt. Im Inneren der Kirche beeindruckt unter anderem bis heute ein Chorgestühl (wahrscheinlich aus Köln um 1350) und ein imposantes Rokoko-Gitter aus dem Jahr 1752.